Trường Đại học Y Dược Cần Thơ xây dựng và phát triển trên cơ sở là Khoa Y - Nha - Dược thuộc Trường Đại học Cần Thơ được hình thành vào tháng 7 năm 1979, tọa lạc tại Khu II Trường Đại học Cần Thơ.

Năm 1980-1993 Khoa Y chính thức có cơ sở mới đặt tại Khu III Đại học Cần Thơ, tọa lạc tại đường Lý Tự Trọng, phường An Cư, quận Ninh Kiều, thành phố Cần Thơ, gồm một khu nhà 3 tầng (1.500 m), và 01 văn phòng (50 m’). Thời gian này khoa chỉ có 02 hội trường 200 chỗ ngồi một văn phòng Khoa và 6 phòng vừa làm văn phòng vừa là phòng thực tập của các bộ môn cơ sở: Giải phẫu, Sinh lý, Vi sinh, Sinh lý bệnh, Mô phôi, Giải phẫu bệnh, Ký sinh trùng, Thư viện.

Công tác đào tạo: Từ năm 1979, Khoa Y đào tạo khoá bác sĩ y khoa hệ chính quy đầu tiên gồm 95 sinh viên. Đến tháng 9 năm 1983 đào tạo thêm hệ liên thông (chuyên tu) Y đa khoa. Từ đó mỗi năm chỉ đào tạo gần 100 sinh viên y hệ chính quy; từ năm 1984 hàng năm đào tạo 100 đến 150 Bác sỹ đa khoa hệ chuyên tu. Năm 1985, khoá đào tạo bác sĩ đa khoa đầu tiên có 95 sinh viên tốt nghiệp và Trường tuyển chọn 20 bác sĩ bồi dưỡng thành cán bộ giảng của khoa Y. Từ đó trở đi mỗi năm, Trường tuyển chọn sinh viên tốt nghiệp loại giỏi, khá tiếp tục đào tạo, bồi dưỡng thành cán bộ giảng dạy của Trường.

Trải qua quá trình xây dựng và phát triển, Trường Đại học Y Dược Cần Thơ đã không ngừng củng cố và vươn lên thực hiện tốt các nhiệm vụ của Đảng và nhà nước giao phó, nhân dân tín nhiệm trong công tác đào tạo, nghiên cứu khoa học và khám chữa bệnh. Hiện nay Trường đã có 6 khoa đào tạo, 56 bộ môn, liên bộ môn trực thuộc khoa; 10 Phòng, ban, 04 Trung tâm, 01 đơn vị và 01 Bệnh viện trực thuộc Trường với 657 cán bộ viên chức, 446 giảng viên cơ hữu (02 Giáo sư, 15 Phó giáo sư; 36 Tiến sỹ, 226 Thạc sỹ; 23 Chuyên khoa cấp II, 04 Chuyên khoa cấp I, và 140 đại học). Mỗi năm đều có một số sinh viên tốt nghiệp loại giỏi, khá tình nguyện ở lại Trường làm cán bộ giảng dạy. Công tác đào tạo nguồn nhân lực y tế cho khu vực ngày được nâng cao.

Thực hiện chủ trương của Bộ Giáo dục Đào tạo về đào tạo đáp ứng nhu cầu xã hội, Trường thường xuyên thực hiện đa dạng hóa các loại hình đào tạo. Đến nay, Trường đang thực hiện đào tạo đại học với 8 mã ngành hệ chính qui theo hệ thống tín chỉ, 2 mã ngành vừa làm vừa học, 10 mã ngành thạc sĩ và tiến sĩ, 42 mã ngành chuyên khoa cấp I, chuyên khoa cấp II và bác sĩ nội trú; đến nay, qui mô đào tạo của Trường trên 8.000 sinh viên chính quy và trên 1.000 học viên sau đại học. Ngoài ra, Trường còn mở các lớp đào tạo liên tục, ngắn hạn, đào tạo theo yêu cầu và mục tiêu của dự án hỗ trợ y tế Đồng bằng sông Cửu Long, đào tạo chuyên khoa sâu ứng dụng các phương pháp và kỹ thuật mới, hiện đại vào công tác khám chữa bệnh và chăm sóc sức khoẻ cộng đồng. Trường đã thực hiện đồng bộ đổi mới nội dung, chương trình, đổi mới phương pháp thi, kiểm tra, đánh giá kết quả học tập của người học. Song song với việc đa dạng hóa các loại hình đào tạo, Trường luôn quan tâm chú trọng đến xây dựng và phát triển các điều kiện để đảm bảo chất lượng đào tạo, ngày càng nâng cao uy tín, vị thế của nhà Trường.

Công tác NCKH: Nhà trường luôn quan tâm đầu tư hợp lý cho công tác nghiên cứu khoa học. Hàng năm Trường đều có xuất bản tạp chí, tập san y học; liên kết với các Sở Khoa học và Công nghệ địa phương thực hiện hợp tác, liên kết nghiên cứu khoa học.

Cán bộ giảng viên của Trường chủ trì và tham gia nhiều đề tài nghiên cứu trọng điểm, đề tài cấp Nhà nước, đề tài cấp Bộ, đề tài cấp cơ sở. Các đề tài nghiên cứu khoa học, hội nghị, hội thảo khoa học đã đóng góp tích cực cả về mặt lý luận và thực tiễn đối với lĩnh vực sức khỏe, góp phần ổn định và thúc đẩy sự phát triển kinh tế - xã hội của đất nước trong tiến trình công nghiệp hoá, hiện đại hoá và hội nhập kinh tế quốc tế.